Zu den wichtigsten Arbeiten im Innenbereich zählen die Erneuerung der schadhaften Bodenplatte mit Rekonstruktion des markanten Plattenbelages sowie die sorgfältige Restaurierung der Raumschale. Auch die historische Ausstattung – darunter Altäre, Kanzel, Beichtstühle, Chorgestühl, Kirchenbänke, Türen und das Orgelgehäuse – wurde restauriert. Gleichzeitig wurden Haustechnik und Brandschutz den heutigen Anforderungen angepasst. Die gestalterische Erneuerung, nach den Entwürfen des Ateliers Frédéric Dedelley, integriert die neuen liturgischen Elemente behutsam in den historischen Kirchenraum und verbindet zeitgemässe Nutzung mit dem denkmalgeschützten Bestand.
Am 11. September 2022, wurde die Kirche St. Johannes der Täufer durch Bischof Felix Gmür feierlich wieder eingeweiht.